Bubble Shooter Butterfly est un jeu de bulles sur le thème des papillons qui se déroule dans un magnifique espace extérieur qui ressemble à une scène printanière ou estivale d'un anime. Le but du joueur est d'utiliser un ring shooter pour libérer les papillons des bulles et gagner des points à travers des centaines de niveaux qui deviennent de plus en plus difficiles avec le temps. Ils peuvent accéder aux niveaux en utilisant l'option de continuation après avoir joué un niveau ou le bouton pause pour revenir à la carte de l'écran d'accueil.
Le joueur tire des bulles de projectiles sur les bulles sur le terrain de jeu. Ils n’en reçoivent pas de manière illimitée, ce qui signifie qu’ils doivent faire en sorte que chaque tir compte. Ils utilisent une ligne de visée laser avec un outil de ciblage en anneau clair, en forme de bulle, pour réaliser des tirs de précision. Ils doivent tirer un projectile sur deux ou plusieurs bulles liées correspondantes pour faire éclater la ligne ou le groupe. Si le projectile secondaire peut terminer un tir avant le projectile principal, ils doivent changer de projectile en sélectionnant le tireur.
Bubble Shooter Butterfly donne au joueur des projectiles spéciaux pour l'aider également. Par exemple, ils reçoivent un projectile Floral Beam qui coupe une ligne à travers les bulles comme une fusée. De plus, certaines bulles contiennent des lucioles qui volent au hasard sur le terrain et font éclater des bulles une fois que le joueur les a libérées.
Une fois que le joueur a terminé suffisamment de niveaux, il reçoit des coffres au trésor contenant des pièces et des projectiles spéciaux. Ils reçoivent des pièces et jusqu'à trois étoiles lorsqu'ils gagnent un niveau. Ils peuvent également ouvrir un coffre au trésor quotidien et faire tourner une roue porte-bonheur pour collecter des prix supplémentaires.