Bubble Shooter Butterfly är ett bubblande spel med fjärilstema som utspelar sig i ett vackert utomhusområde som ser ut som en vår- eller sommarscen från anime. Spelarens mål är att använda en ringskjutare för att befria fjärilar från bubblor och tjäna poäng över hundratals nivåer som blir mer utmanande med tiden. De kan komma åt nivåerna genom att använda fortsättningsalternativet efter att ha spelat en nivå eller pausknappen för att återgå till startskärmskartan.
Spelaren skjuter projektilbubblor mot bubblorna på spelplanen. De får inte obegränsade, vilket innebär att de måste få varje skott att räknas. De använder en laserriktlinje med ett tydligt ringriktverktyg i bubbelstil för att göra precisionsskott. De måste avfyra en projektil mot två eller flera matchande länkade bubblor för att skjuta upp linjen eller gruppen. Om den sekundära projektilen kan slutföra ett skott före den primära, måste de byta projektil genom att välja skytten.
Bubble Shooter Butterfly ger spelaren speciella projektiler för att hjälpa dem också. Till exempel får de en Floral Beam-projektil som skär en linje genom bubblorna som ett raketskepp. Dessutom innehåller vissa bubblor eldflugor som slumpmässigt flyger runt fältet och poppar upp bubblor efter att spelaren befriat dem.
När spelaren har klarat tillräckligt med nivåer får de skattkistor som innehåller mynt och specialprojektiler. De får mynt och upp till tre stjärnor när de vinner en nivå. De kan också öppna en daglig skattkista och snurra på ett lyckohjul för att samla in ytterligare priser.
