Bubble Invasion is een bubbelspel. Tegen een koningsblauwe achtergrond knalt de speler met projectielen clusters van drie of meer bellen die in rijen op het speelveld van elk level hangen. Ze doen dit om een regenboogstreepbel met een gouden ster in het midden te vinden en te laten knappen. Als ze dit doelwit raken, komen alle resterende bubbels los van de bovenkant van het veld, vallen ze naar beneden en knallen ze.
De speler gebruikt een eenvoudige pijlschietmachine met een verloop in wit. De speler ontvangt een hoofdprojectiel en een voorbeeld van het volgende projectiel in de buurt. Ze moeten nauwkeurig richten om clusters te laten knallen en te verwijderen. Gelukkig hoeven ze niet elke bel weg te schieten om te winnen.
Bubble Invasion daagt de speler op veel manieren uit en helpt hem daarbij. Om het spel moeilijker te maken, glijden de hangende rijen snel over het veld. Ook worden afleidende waarschuwingen weergegeven wanneer de rijen bubbels een bepaalde plek bereiken (een driehoekig geel waarschuwingsteken met een zwart uitroepteken en een zwart-gele, gestreepte horizontale lijn).
Om het spel gemakkelijker te maken, biedt het spel ook handige hulpmiddelen. De speler kan bombellen gebruiken om een kettingreactie te veroorzaken in een ontploffingszone, bliksembellen om horizontale rijen te wissen en stopwatchbellen om de glijbaan te vertragen. Bovendien geeft het spel drie regenboogbellen per treffer om elk cluster zonder bijpassend projectiel aan te vallen.
