Bubble Invasion ist ein Spiel, bei dem Blasen zerplatzen. Vor einem königsblauen Hintergrund lässt der Spieler Gruppen von drei oder mehr Blasen, die in Reihen auf dem Spielfeld jedes Levels hängen, mit Projektilen platzen. Die Aufgabe besteht darin, eine regenbogenfarbig gestreifte Blase mit einem goldenen Stern in der Mitte zu finden und zu zerstören. Wenn sie diese Zielscheibe zerplatzen lassen, lösen sich alle verbleibenden Blasen vom oberen Rand des Spielfelds, fallen den Bildschirm hinunter und zerplatzen.
Der Spieler verwendet einen einfachen Pfeilschützen mit weißem Farbverlauf. Er erhält ein Hauptprojektil und eine Vorschau auf das nächste Projektil in seiner Nähe. Er muss genau zielen, um die Cluster zu zerstören und zu entfernen. Zum Glück muss er nicht jede Blase entfernen, um zu gewinnen.
Bubble Invasion fordert und fördert den Spieler in vielerlei Hinsicht. Um das Spiel zu erschweren, rutschen die hängenden Reihen auf dem Spielfeld schnell nach unten. Außerdem schaltet es ablenkende Warnmeldungen ein, wenn die Blasenreihen einen bestimmten Punkt erreichen (d.h. ein dreieckiges gelbes Warnzeichen mit einem schwarzen Ausrufezeichen und einer schwarz-gelb gestreiften horizontalen Linie).
Um den Spielablauf zu erleichtern, bietet das Spiel aber auch hilfreiche Werkzeuge. Der Spieler kann Bombenblasen verwenden, um eine Kettenreaktion in einer Explosionszone auszulösen, Blitzblasen, um horizontale Reihen zu löschen, und Stoppuhrblasen, um die Rutsche zu verlangsamen. Außerdem stellt das Spiel dem Spieler drei Regenbogenblasen pro Treffer zur Verfügung, mit denen er jeden Cluster ohne passendes Projektil angreifen kann.