Bubble Invasion to gra polegająca na puszczaniu baniek. Na królewskim niebieskim tle gracz rozbija pociskami skupiska trzech lub więcej baniek wiszących w rzędach na polu gry każdego poziomu. Zadaniem gracza jest zlokalizowanie i zbicie bańki w tęczowe paski, na środku której znajduje się złota gwiazda. Po trafieniu w ten cel wszystkie pozostałe bąbelki odrywają się od górnej części pola, spadają w dół ekranu i pękają.
Gracz korzysta z podstawowego gradientowo-białego miotacza strzałek. Otrzymuje główny pocisk i podgląd następnego w pobliżu. Musi użyć dokładnego celowania, aby wyskakiwać i usuwać klastry. Na szczęście nie trzeba usuwać każdej bańki, aby wygrać.
Bubble Invasion stawia przed graczem wiele wyzwań i pomaga mu na wiele sposobów. Aby utrudnić rozgrywkę, sprawia, że wiszące rzędy szybko przesuwają się w dół pola. Włącza również rozpraszające powiadomienia ostrzegawcze, gdy rzędy bąbelków osiągną określone miejsce (np. trójkątny żółty znak ostrzegawczy z czarnym wykrzyknikiem i czarno-żółtą poziomą linią w paski).
Aby ułatwić rozgrywkę, gra oferuje również pomocne narzędzia. Gracz może użyć bąbelków bomby, aby wywołać reakcję łańcuchową w strefie wybuchu, bąbelków błyskawicy, aby wyczyścić poziome rzędy i bąbelków stopera, aby spowolnić poślizg. Dodatkowo, gra zapewnia trzy tęczowe bańki za każde trafienie, aby wycelować w dowolny klaster bez pasującego pocisku.
