Bouncing Balls ist ein Seifenblasen-Schießspiel, bei dem Seifenblasenkugeln in verschiedenen Farben und mit spiralförmigen Mustern in Reihen an der Unterseite einer 1.000 Tonnen schweren grau-silbernen Platte in einer Presse angebracht sind. Vor einem blau-schwarzen Spielfeld mit Farbverlauf im Inneren des Pressengehäuses benutzt der Spieler einen Ring-Shooter mit einem Zeiger in Form einer Schwertklingenspitze, um Projektile auf die Reihen zu schießen, um Gruppen von drei oder mehr passenden Kugeln zu bilden und zu entfernen.
Die Druckplatte und die Kugeln bewegen sich langsam über den Bildschirm. Daher muss sich der Spieler nicht beeilen, wenn er versucht, diese Aufgabe in den ersten paar Levels zu erfüllen. Er muss lediglich die Kugeln genau anvisieren, was dadurch erschwert wird, dass das Spiel keine Ziellinie vorgibt. Allerdings kann der Spieler die Schüsse von den Seitenwänden ablenken, um schwer zu erreichende Gruppen von zusammenhängenden, passenden Kugeln zu treffen.
Obwohl Bouncing Balls auch keine Möglichkeit bietet, das Projektil zu wechseln, erhält der Spieler eine Vorschau auf das nächste Projektil, damit er seine Schüsse schneller planen kann. Wenn der Spieler einen Treffer ausführt, der einen Cluster erzeugt, hüpfen die Kugeln nicht wirklich. Sie springen nur auf, wenn der Spieler einen Schuss von einer der beiden Seitenwände ablenkt. Stattdessen schrumpfen die Kugeln, verwandeln sich in orangefarbene Sterne und verschwinden dann vom Spielfeld.
