Bouncing Balls is een bubbelschietspel met gekleurde bubbelballen met spiraalvormige patronen die in rijen aan de onderkant van een 1000 ton zware grijszilveren plaat in een pers zijn bevestigd. Tegen een blauwzwart speelveld in de persbehuizing gebruikt de speler een ringshooter met een wijzer in de vorm van een punt van een zwaardblad om projectielen op de rijen te schieten en zo clusters van drie of meer dezelfde ballen te maken en te verwijderen.
De drukplaat en de ballen bewegen langzaam over het scherm. Hierdoor hoeft de speler zich in de eerste paar levels niet te haasten om deze taak tot een goed einde te brengen. Je hoeft alleen maar nauwkeurig te richten op de bubbelballen, wat het spel moeilijk maakt door geen miklijn aan te geven. Dat neemt niet weg dat de speler zijn schoten via de zijwanden kan richten op moeilijk bereikbare groepen van bij elkaar horende ballen.
Hoewel Bouncing Balls ook geen optie biedt om van projectiel te wisselen, krijgt de speler wel een voorvertoning van het volgende projectiel om zijn schoten sneller te kunnen plannen. Als je een slag uitvoert waarbij een cluster ontstaat, stuiteren de ballen niet echt. De enige stuiteractie vindt plaats als de speler een schot op een van de twee zijwanden richt. In plaats daarvan krimpen de ballen, veranderen ze in oranje sterren en verdwijnen ze uit het veld.