Bouncing Balls es un juego de disparos de burbujas con bolas de burbujas de colores mezclados con diseños en espiral que se muestran en filas unidas a la parte inferior de una placa gris-plateada de 1.000 toneladas dentro de una prensa. El jugador utiliza un lanzador de anillas con un puntero en forma de punta de espada para apuntar y disparar proyectiles a las filas con el fin de crear y eliminar grupos de tres o más bolas iguales.
La placa de prensa y las bolas se mueven lentamente por la pantalla. Como resultado, el jugador no necesita apresurarse al intentar completar esta tarea a lo largo del primer par de niveles. Sólo tiene que apuntar con precisión a las bolas de burbujas, algo que el juego dificulta al no proporcionar una línea de puntería. Dicho esto, el jugador puede realizar disparos angulares desde las paredes laterales para golpear grupos de bolas iguales conectadas difíciles de alcanzar.
Aunque Bouncing Balls tampoco ofrece la opción de cambiar de proyectil, el jugador recibe una vista previa del siguiente proyectil para ayudarle a planificar sus disparos con mayor rapidez. Cuando realizan un golpe que crea un racimo, las bolas de burbujas en realidad no rebotan. La única acción de rebote se produce cuando el jugador efectúa un disparo angular contra una de las dos paredes laterales. En su lugar, las bolas se encogen, se transforman en estrellas naranjas y desaparecen del campo.
