Bubble Pop Butterfly es un juego de explotar burbujas con un impresionante tema de fantasía. En cientos de niveles con escenarios diurnos y nocturnos muy variados, el jugador explota burbujas marcadas con mariposas y otros símbolos para eliminar patrones de burbujas conectadas. Sólo pueden explotar grupos de tres burbujas iguales formados por al menos dos burbujas colgantes y un proyectil de burbuja igual. Su objetivo es disfrutar del ambiente relajante y jugar mientras intentan conseguir una puntuación alta y recoger estrellas y otras recompensas.
El jugador recibe un tirador de anillo con dos proyectiles de burbuja intercambiables y un rayo láser de puntería de color a juego con una burbuja de puntería clara en el extremo. Utiliza el rayo para alinear los disparos directos y en ángulo, lo que garantiza que dispara con precisión cada vez que utiliza un proyectil. Cuando un proyectil alcanza un grupo suficientemente grande, las burbujas coincidentes estallan. Las burbujas que no coinciden estallan cuando caen al fondo de la escena.
Bubble Pop Butterfly revela el patrón al jugador a medida que las burbujas aparecen en el campo, lo que puede ayudar al jugador a crear una estrategia bien pensada para disparar y reventar grupos de burbujas. El jugador también recibe potenciadores que le ayudan, incluyendo un potenciador relámpago que corta una fila horizontal y un potenciador luciérnaga que revienta burbujas aleatoriamente.