Bubble Pop Butterfly is een bubbelspel met een prachtig fantasiethema. Tegen een gevarieerde achtergrond van dag en nacht in honderden levels, knalt de speler bubbels gemarkeerd met vlinders en andere symbolen om samenhangende bubbelpatronen te verwijderen. Ze kunnen alleen clusters van drie dezelfde bellen laten knappen, gevormd door ten minste twee hangende bellen en een bijpassend bellenprojectiel. Het doel is om te genieten van de ontspannen sfeer en te spelen terwijl je probeert een hoge score te halen en sterren en andere beloningen te verzamelen.
De speler ontvangt een ringshooter met twee verwisselbare bubbelprojectielen en een laserdoelstraal in dezelfde kleur met een duidelijke doelbel aan het einde. Ze gebruiken de straal om directe en schuine schoten op elkaar af te stemmen, wat garandeert dat ze elke keer dat ze een projectiel gebruiken met precisie schieten. Als een projectiel een cluster raakt dat groot genoeg is, knallen de bijpassende bubbels. Niet-matchende bubbels knallen als ze naar de bodem van de scène vallen.
Bubble Pop Butterfly onthult het patroon aan de speler wanneer de bubbels op het veld verschijnen. Dit kan de speler helpen bij het maken van een goed doordachte strategie voor het schieten en laten knappen van bubbelclusters. De speler krijgt ook boosters die helpen, zoals een bliksembooster die een horizontale rij doorsnijdt en een vuurvliegbooster die willekeurig bubbels laat knappen.