Bubble Pop Butterfly to gra w puszczanie baniek z oszałamiającym motywem fantasy. Na setkach poziomów, w zróżnicowanych sceneriach dziennych i nocnych, gracz przebija bańki oznaczone motylami i innymi symbolami, aby usunąć połączone wzory baniek. Gracz może zbijać tylko skupiska trzech pasujących do siebie bąbelków, utworzone przez co najmniej dwa wiszące bąbelki i pasujący do nich pocisk bąbelkowy. Ich celem jest cieszenie się relaksującą atmosferą i granie, próbując zdobyć wysoki wynik i zbierać gwiazdki oraz inne nagrody.
Gracz otrzymuje strzelankę pierścieniową z dwoma wymiennymi pociskami bąbelkowymi i dopasowaną kolorystycznie laserową wiązką celowniczą z wyraźnym bąbelkiem celowniczym na końcu. Wiązka służy do wyrównywania bezpośrednich i kątowych strzałów, co gwarantuje precyzję strzelania za każdym razem, gdy używa się pocisku. Gdy pocisk trafi w wystarczająco duże skupisko, pasujące bąbelki pękają. Niepasujące bąbelki wyskakują, gdy spadną na dno sceny.
Bubble Pop Butterfly ujawnia graczowi wzór, gdy bąbelki pojawiają się na polu, co może pomóc graczowi w stworzeniu przemyślanej strategii strzelania i rozbijania klastrów bąbelków. Gracz otrzymuje również pomocne dopalacze, w tym dopalacz błyskawicy, który przecina poziomy rząd i dopalacz świetlika, który losowo wyskakuje bąbelki.
