Το Bubble Shooter Challenge 2 είναι ένα παιχνίδι με φούσκες που πυροβολούν με φυσαλίδες που μοιάζουν με καραμέλες και αναπηδούν γύρω από ένα σκούρο μπλε πεδίο παιχνιδιού πριν σκάσουν σε χώρους που φέρουν ετικέτες με πόντους (π.χ. 50, 100, 250, 100 και 50) στο κάτω μέρος του πεδίου. Ο παίκτης προσπαθεί να κερδίσει όσο το δυνατόν περισσότερους πόντους για να καταταγεί σε έναν παγκόσμιο πίνακα κατάταξης, εκτοξεύοντας βλήματα φυσαλίδων για να χτυπήσει ομάδες από όμοιες φυσαλίδες και τυχόν μη όμοιες που συνδέονται με αυτές τις φυσαλίδες από κρεμασμένες σειρές.
Το παιχνίδι διαθέτει μια διακεκομμένη γραμμή στόχευσης με χρώμα που ταιριάζει με ένα μη εναλλάξιμο αυτόνομο κύριο βλήμα. Δεν διαθέτει βέλος, τόξο ή πυροβόλο. Ο παίκτης χρησιμοποιεί τη γραμμή για να στοχεύσει φυσαλίδες που ταιριάζουν χρωματικά για να χτυπήσει ένα σύμπλεγμα από τις σειρές ή να ξεκινήσει ένα σύμπλεγμα για να δημιουργήσει μια μεταγενέστερη ευκαιρία για το άνοιγμα φυσαλίδων. Αν καταφέρει να χτυπήσει συστάδες από τις σειρές διαδοχικά, λαμβάνει αυξανόμενους πολλαπλασιαστές που εμφανίζονται στην κάτω αριστερή περιοχή.
Το Bubble Shooter Challenge 2 ανταμείβει τελικά τον παίκτη με ένα ενισχυτικό λέιζερ που καίει μια σειρά από φυσαλίδες μικτού χρώματος εξαιτίας αυτών των διαδοχικών επιτυχημένων βολών. Αν ο παίκτης δεν καταφέρει να σταματήσει τις σειρές από το να γλιστρήσουν οποιεσδήποτε φυσαλίδες στο κάτω μέρος του πεδίου, το παιχνίδι τελειώνει. Αν έχει αρκετά καλή απόδοση ώστε να καταταγεί στον πίνακα κατάταξης των 50 καλύτερων παικτών παγκοσμίως, το παιχνίδι τον προτρέπει να προσθέσει τα στοιχεία του σε αυτόν.