Bubble Shooter Challenge 2 es un juego de disparar burbujas de caramelo que rebotan en un campo de juego azul oscuro antes de estallar en los espacios etiquetados con puntos (50, 100, 250, 100 y 50) en la parte inferior del campo. El jugador intenta ganar tantos puntos como sea posible para clasificarse en una tabla de clasificación global disparando proyectiles de burbujas para derribar grupos de burbujas iguales y las no iguales unidas a esas burbujas de las filas colgantes.
El juego cuenta con una línea de puntería de puntos de color a juego con un proyectil principal independiente no intercambiable. No tiene un disparador de flecha, arco o cañón. El jugador utiliza la línea para apuntar a burbujas del mismo color para eliminar un grupo de las filas o iniciar un grupo para crear una oportunidad posterior de explotar burbujas. Si consiguen eliminar grupos de las filas de forma consecutiva, recibirán multiplicadores crecientes que se muestran en la zona inferior izquierda.
Bubble Shooter Challenge 2 acaba recompensando al jugador con un potenciador láser que quema una línea de burbujas de colores mezclados gracias a estos disparos consecutivos con éxito. Si el jugador no consigue evitar que las filas deslicen ninguna burbuja hasta el fondo del campo, el juego termina. Si su rendimiento es lo suficientemente bueno como para figurar en la clasificación de los 50 mejores jugadores del mundo, el juego les pide que añadan sus datos a la misma.