Bubble Shooter Challenge 2 to gra polegająca na strzelaniu do baniek, w której bańki przypominające cukierki odbijają się po ciemnoniebieskim polu gry, a następnie wyskakują na polach oznaczonych punktami (tj. 50, 100, 250, 100 i 50) na dole pola. Gracz stara się zdobyć jak najwięcej punktów, aby uplasować się w globalnej tabeli liderów, strzelając pociskami bąbelkowymi, aby strącić skupiska pasujących bąbelków i wszelkie niepasujące bąbelki dołączone do tych bąbelków z wiszących rzędów.
Gra zawiera dopasowaną kolorystycznie kropkowaną linię celowniczą z niewymiennym, samodzielnym pociskiem głównym. Nie ma strzał, łuku ani armaty. Gracz używa linii do celowania w dopasowane kolorystycznie bąbelki, aby albo strącić klaster z rzędów, albo rozpocząć klaster, aby stworzyć późniejszą okazję do przebicia bąbelków. Jeśli uda im się kolejno zbijać klastry z rzędów, otrzymają rosnące mnożniki wyświetlane w lewym dolnym obszarze.
Bubble Shooter Challenge 2 ostatecznie nagradza gracza laserowym dopalaczem, który spala linię bąbelków o mieszanych kolorach z powodu tych kolejnych udanych strzałów. Jeśli graczowi nie uda się powstrzymać rzędów przed zsunięciem bąbelków na dno pola, gra się kończy. Jeśli gracz osiągnie wystarczająco dobre wyniki, by znaleźć się w rankingu 50 najlepszych graczy na świecie, gra poprosi go o dodanie do niego swoich danych.
