Maya Bubbles είναι ένα shooter φούσκα. Σε τρεις χάρτες σε στυλ κύλισης που περιλαμβάνουν 120 επίπεδα, ο παίκτης εξερευνά διάφορες τοποθεσίες που σχετίζονται με τον πολιτισμό των Μάγια, ολοκληρώνοντας εργασίες που ανοίγουν φούσκες. Χρησιμοποιούν ένα σκοπευτή τύπου μάσκας και βλήματα για να αφαιρέσουν τις φυσαλίδες που είναι προσαρτημένες σε αιωρούμενα κλειδωμένα κουτιά. Στόχος τους είναι να συλλέξουν ένα κλειδί σε κάθε επίπεδο που ξεκλειδώνει το επόμενο και να κερδίσουν την υψηλότερη δυνατή βαθμολογία ανά επίπεδο.
Ο παίκτης σκάει φυσαλίδες ταιριάζοντας το χρώμα και το μοτίβο ενός βλήματος με ένα σύμπλεγμα δύο ή περισσότερων συνδεδεμένων φυσαλίδων. Αν το πρωτεύον βλήμα δεν ταιριάζει με ένα κοντινό σύμπλεγμα, μπορεί να το ανταλλάξει με το δευτερεύον στο στόμα της μάσκας. Στόχος τους είναι να δημιουργήσουν ομάδες που περιέχουν τρεις ή περισσότερες ταιριαστές φυσαλίδες. Όταν οι φυσαλίδες σκάνε, κάθε μία απελευθερώνει ενέργεια. Όταν τελικά ξεκλειδώσει το κουτί κλειδαριάς, το κλειδί ανοίγει αυτόματα το επόμενο σημείο στο χάρτη.
Το Maya Bubbles προσπαθεί να κάνει τον παίκτη να χάσει τις βολές του, βάζοντας ζώα να κινούνται ή να τρέχουν στο παρασκήνιο. Αν και το παιχνίδι δεν διαθέτει ρολόι αντίστροφης μέτρησης ποινών, επιτρέπει στον παίκτη να χρησιμοποιήσει μόνο έναν συγκεκριμένο αριθμό κινήσεων ανά επίπεδο. Μπορεί να αναθεωρήσει αυτόν τον αριθμό ανά πάσα στιγμή στην περιοχή κάτω αριστερά.
