Maya Bubbles est un jeu de tir à bulles. Sur trois cartes de 120 niveaux, le joueur explore divers lieux associés à la culture maya en faisant éclater des bulles. Il utilise un masque de tir et des projectiles pour éliminer les bulles attachées à des boîtes flottantes verrouillées. Leur objectif est de collecter une clé dans chaque niveau qui déverrouille le suivant et d`obtenir le meilleur score possible par niveau.
Le joueur fait éclater les bulles en faisant correspondre la couleur et le motif d`un projectile avec un groupe d`au moins deux bulles reliées entre elles. Si le projectile principal ne correspond pas à une grappe voisine, il peut l`échanger avec le projectile secondaire dans la bouche du masque. Leur objectif est de créer des groupes contenant au moins trois bulles identiques. Lorsque les bulles éclatent, chacune d`entre elles libère de l`énergie. Lorsque la boîte se déverrouille, la clé ouvre automatiquement l`emplacement suivant sur la carte.
Maya Bubbles tente de faire rater des tirs au joueur en faisant bouger ou courir des animaux en arrière-plan. Bien que le jeu ne comporte pas de compte à rebours de pénalité, il ne permet au joueur d`utiliser qu`un nombre spécifique de coups par niveau. Ce nombre peut être revu à tout moment dans la partie inférieure gauche.
