Maya Bubbles ist ein Bubble-Shooter. Auf drei Karten im Scroll-Stil mit 120 Levels erkundet der Spieler verschiedene Orte, die mit der Maya-Kultur in Verbindung stehen, indem er Aufgaben zum Zerplatzen von Blasen erfüllt. Er benutzt einen maskenartigen Shooter und Projektile, um Blasen zu entfernen, die an schwebenden verschlossenen Kisten befestigt sind. Ziel ist es, in jedem Level einen Schlüssel einzusammeln, der das nächste Level freischaltet, und die höchstmögliche Punktzahl pro Level zu erreichen.
Der Spieler lässt Blasen platzen, indem er die Farbe und das Muster eines Projektils mit einer Gruppe von zwei oder mehr verbundenen Blasen zusammenbringt. Wenn das primäre Projektil nicht zu einem nahe gelegenen Cluster passt, kann er es mit dem sekundären Projektil im Mund der Maske austauschen. Ihr Ziel ist es, Gruppen zu bilden, die drei oder mehr passende Blasen enthalten. Wenn die Blasen platzen, setzt jede einzelne Energie frei. Wenn das Schließfach schließlich aufgeschlossen wird, öffnet der Schlüssel automatisch den nächsten Punkt auf der Karte.
Maya Bubbles versucht, den Spieler zu Fehlschüssen zu verleiten, indem sich Tiere im Hintergrund bewegen oder herumlaufen. Das Spiel verfügt zwar nicht über einen Straf-Countdown, erlaubt dem Spieler aber nur eine bestimmte Anzahl von Zügen pro Level. Sie können diese Anzahl jederzeit im unteren linken Bereich überprüfen.
