Maya Bubbles är en bubbelskjutare. Över tre scroll-stil kartor som innehåller 120 nivåer, utforskar spelaren olika platser som är förknippade med Mayakulturen genom att slutföra bubbelstoppningsuppgifter. De använder en maskliknande skytt och projektiler för att ta bort bubblor som är fästa vid flytande låsta lådor. Målet är att samla in en nyckel i varje nivå som låser upp nästa nivå och få högsta möjliga poäng per nivå.
Spelaren poppar bubblor genom att matcha färgen och mönstret på en projektil med ett kluster av två eller flera länkade bubblor. Om den primära projektilen inte matchar ett närliggande kluster kan de byta ut den mot den sekundära i maskens mun. Deras mål är att skapa grupper som innehåller tre eller fler matchande bubblor. När bubblorna spricker frigör var och en av dem energi. När låslådan till slut låses upp öppnar nyckeln automatiskt nästa plats på kartan.
Maya Bubbles försöker få spelaren att missa skott genom att låta djur röra sig eller springa runt i bakgrunden. Även om spelet inte har någon nedräkningsklocka för straff, tillåter det bara spelaren att använda ett visst antal drag per nivå. Spelaren kan när som helst granska detta antal i det nedre vänstra området.