Maya Bubbles is een bubbelshooter. In drie kaarten in scrollstijl met 120 levels verkent de speler verschillende locaties die verband houden met de Maya-cultuur door bubbels te knallen. Ze gebruiken een maskerachtige shooter en projectielen om bellen te verwijderen die vastzitten aan zwevende vergrendelde dozen. Het doel is om in elk level een sleutel te verzamelen die het volgende level ontgrendelt en een zo hoog mogelijke score per level te behalen.
De speler verwijdert bubbels door de kleur en het patroon van een projectiel te matchen met een cluster van twee of meer gekoppelde bubbels. Als het primaire projectiel niet overeenkomt met een nabijgelegen cluster, kan het worden verwisseld met het secundaire projectiel in de mond van het masker. Hun doel is om groepen te maken die drie of meer dezelfde bellen bevatten. Als de bellen knappen, komt er energie vrij. Als de lockbox uiteindelijk wordt geopend, opent de sleutel automatisch de volgende plek op de kaart.
Maya Bubbles probeert de speler schoten te laten missen door dieren op de achtergrond te laten bewegen of rondrennen. Hoewel het spel geen aftelklok voor penalty`s bevat, mag de speler maar een bepaald aantal zetten per level gebruiken. Ze kunnen dit aantal op elk moment bekijken in het gebied linksonder.
