Maya Bubbles é um jogo de atirar bolhas. Ao longo de três mapas em estilo scroll com 120 níveis, o jogador explora vários locais associados à cultura Maia, completando tarefas de rebentar bolhas. Utiliza um atirador de máscaras e projécteis para remover bolhas presas a caixas flutuantes fechadas. O objetivo é recolher uma chave em cada nível para desbloquear o seguinte e obter a maior pontuação possível por nível.
O jogador rebenta as bolhas fazendo corresponder a cor e o padrão de um projétil a um conjunto de duas ou mais bolhas ligadas. Se o projétil principal não corresponder a um grupo próximo, pode trocá-lo pelo secundário na boca da máscara. O seu objetivo é criar grupos que contenham três ou mais bolhas iguais. Quando as bolhas rebentam, cada uma liberta energia. Quando o cofre se abre, a chave abre automaticamente o ponto seguinte no mapa.
Maya Bubbles tenta fazer com que o jogador erre os tiros fazendo com que os animais se movam ou corram no fundo. Embora o jogo não tenha um relógio de contagem regressiva de penalidades, ele só permite que o jogador use um número específico de movimentos por nível. Este número pode ser revisto em qualquer altura na área inferior esquerda.
