Bubble Hamsters to gra polegająca na puszczaniu baniek, w której urocze chomiki próbują zebrać nasiona słonecznika uwięzione w bańkach. Jest jasny, słoneczny dzień z delikatnie płynącymi chmurami, ale Robert Jr. i Missy nie mogą się nim cieszyć. Nie mogą zebrać wystarczającej ilości nasion słonecznika bez pomocy gracza. Gracz musi celnie strzelać do bąbelków zawierających nasiona za pomocą kuszy ze strzałą w kształcie bełtu. Gracz kończy zadanie na każdym poziomie, gdy zdobędzie określoną liczbę punktów i uwolni każde ziarno z rzędów baniek wiszących na niebie.
Gracz może rozbić tylko trzy lub więcej bąbelków tego samego koloru za pomocą pocisków wypuszczonych ze strzelanki. Pociski można wymieniać w dowolnym momencie, wybierając drugi w pobliskim uchwycie oznaczonym czerwono-białymi paskami w okręgu i wirującą złotą energią. Jeśli gracz dobrze sobie poradzi, nasiona wypadają z pękających bąbelków. Jeśli zajmie im to zbyt dużo czasu, gra zrzuci kolejny poziomy rząd bąbelków na pole gry. Jeśli rzędy dotrą do przerywanej linii w pobliżu strzelca, gra się kończy.
Bubble Hamsters zapewnia graczowi narzędzia, które ułatwiają proces zbierania bąbelków. Dostarcza linię celowniczą wykonaną z kremowych kropek do celowania w określone bąbelki i szczeliny między bąbelkami. Dostarcza również specjalną bańkę-gwiazdę, która uwalnia wszystkie nasiona za jednym uderzeniem i nagradza punktami bonusowymi po tym, jak pękają klastry bąbelków określoną liczbę razy.
Ostrzeżenie
Jeśli gracz odwiedzi ekran główny z jakiegokolwiek powodu, gra może zresetować jego postępy do poziomu 1. Jeśli tak się stanie, gracz będzie musiał zacząć od początku.