Bubble Hamsters är ett bubbelspel där söta hamstrar försöker samla solrosfrön som fastnat i bubblorna. Det är en ljus, solig dag med moln som försiktigt flyter förbi, men Robert Jr. och Missy kan inte njuta av den. De kan inte samla tillräckligt med solrosfrön utan spelarens hjälp. De behöver spelarens hjälp att skjuta de bubblor som innehåller fröna med hjälp av en armborstskytt med en bultliknande pil. Spelaren slutför uppgiften på varje nivå när de tjänar ett visst antal poäng och släpper varje frö från raderna med bubblor som hänger i himlen.
Spelaren kan bara poppa tre eller fler bubblor i samma färg med projektiler som släpps från skytten. De kan byta projektiler när som helst genom att välja den sekundära i en närliggande hållare markerad med rödvita ränder i en cirkel och virvlande gyllene energi. Om spelaren gör bra ifrån sig faller fröna ur de poppade bubblorna. Om det tar för lång tid släpper spelet en ny horisontell rad med bubblor på spelplanen. Om raderna når en streckad linje nära skytten slutar spelet.
Med detta sagt
Med detta sagt förser Bubble Hamsters spelaren med verktyg som hjälper till att göra insamlingsprocessen enklare. Den tillhandahåller en mållinje gjord av krämfärgade prickar för att sikta på specifika bubblor och mellanrum mellan bubblor. Det finns också en speciell stjärnbubbla som frigör alla frön med en träff och belönar bonuspoäng efter att de har poppat kluster av bubblor ett visst antal gånger i följd.
Varning
Om spelaren besöker startskärmen av någon anledning kan det hända att spelet återställer spelarens framsteg till nivå 1. Om detta händer måste de börja om från början.