Bubble Fall är ett skjut- och skjutspel som tar spelet i en helt annan riktning än de flesta bubble shooters. Spelaren, i ett nästan first-person shooter-perspektiv, väntar på en hängbro nära en grönskande skog. Färgade plastkulor, fördelade i en mängd olika mönster, rullar nerför bron mot dem. Spelaren skjuter färgade projektilbollar mot mönstret för att frigöra bollar från det. När bollarna passerar ringskytten och rullar ut ur synfältet, poppar de till slut och gör vackra musikinstrumentljud.
Spelaren kan inte tvinga bollarna att släppa från mönstret om de inte träffar två eller flera färgmatchade med en färgmatchad projektil. De släpper flest bollar om de rör vid en del av mönstret som förbinder en linje av bubblor närmare toppen av skärmen och längst bort från skyttens och spelarens position. Spelet förser dem med en gyllene lasermållinje för att garantera exakta skott.
Bubble Fall förser också spelaren med boosters, inklusive bomber som spränger och släpper stora cirkulära områden av bollar och raketer som rusar igenom och släpper en lång remsa av bollar. Dessutom kan spelaren släppa bollar genom att rikta in bollar som är markerade med vita presentförpackningar.
Om spelaren upprepade gånger släpper bollar får de allt fler poäng. De får också ett högre antal poäng för att släppa många bollar på en gång.