Το Bubble Gems είναι ένα παιχνίδι με φυσαλίδες με θέμα τη φαντασία. Με φόντο ένα φυσικό καταφύγιο με καταπράσινα λιβάδια, ένα ρυάκι και μια γέφυρα, καθώς και κοντινά βουνά, ένας μονόκερος αναθέτει στον παίκτη να συλλέξει 106 πολύτιμους λίθους σε διάφορα επίπεδα παιχνιδιού.
Ο παίκτης λαμβάνει ένα βασικό shooter ανοιχτού δακτυλίου με ένα κόκκινο βέλος. Χρησιμοποιεί βλήματα που φορτώνονται στο shooter για να σκάσουν ομάδες από αιωρούμενες φυσαλίδες σε ομάδες των τριών ή περισσότερων ατόμων για να καθαρίσει το πεδίο παιχνιδιού και να συλλέξει τους πολύτιμους λίθους. Σε ορισμένες περιπτώσεις, δεν χρειάζεται να σκάσει κάθε φυσαλίδα. Πρέπει απλώς να συλλέξουν τον πολύτιμο λίθο ή τους πολύτιμους λίθους.
Οι φυσαλίδες λειτουργούν σαν μπαλόνια νερού. Η επιφάνεια της κάθε μίας λυγίζει όταν χτυπιέται και συμπεριφέρεται λίγο μαλακά. Αν μια φυσαλίδα χτυπηθεί από ένα αντίστοιχο βλήμα ή σκάσει ως μέρος ενός συμπλέγματος, εκρήγνυται προς τα έξω με παγωμένες λευκές γραμμές που μοιάζουν με νερό. Αυτή η συμπεριφορά κάνει μερικές φορές τη στόχευση με το βέλος δύσκολη, ειδικά από τη στιγμή που το παιχνίδι δεν προσφέρει γραμμή στόχευσης. Επιπλέον, το παιχνίδι μερικές φορές καλύπτει μια φυσαλίδα με ένα λεπτό φιλμ πάγου. Ο παίκτης πρέπει να σκάσει ένα σύμπλεγμα δίπλα σε μια παγωμένη φυσαλίδα και στη συνέχεια να χρησιμοποιήσει αργότερα τη φυσαλίδα για να δημιουργήσει ένα ξεχωριστό σύμπλεγμα.
Το Bubble Gems δεν παρέχει εναλλάξιμα βλήματα. Ο παίκτης πρέπει να πυροβολεί με αυτά που λαμβάνει κάθε φορά. Ευτυχώς, το παιχνίδι διαθέτει ένα σύστημα πάσας που τους επιτρέπει να μην σκάσουν φυσαλίδες τέσσερις φορές πριν τους επιβληθεί ποινή. Ο παίκτης μπορεί να παρακολουθήσει αυτό το σύστημα με τέσσερις κόκκινες φυσαλίδες κάτω από τις οπλές του μονόκερου. Εάν το παιχνίδι εκδώσει ποινή, νέες φυσαλίδες εμφανίζονται και μεγεθύνονται σε διαφορετικά σημεία του γηπέδου.
