Bubble Gems es un juego de explotar burbujas de temática fantástica. Con el telón de fondo de una reserva natural que cuenta con verdes praderas, un arroyo y un puente, y montañas cercanas, un unicornio encarga al jugador que recoja 106 gemas a lo largo de los niveles de juego.
El jugador recibe un tirador básico de anillo abierto con una flecha roja. Utiliza proyectiles que se cargan en el tirador para hacer estallar grupos de burbujas flotantes en grupos de tres o más para despejar el campo de juego y recoger las gemas. En algunos casos, no es necesario explotar todas las burbujas. Simplemente tienen que recoger la gema o gemas.
Las burbujas actúan como globos de agua. La superficie de cada uno se flexiona cuando se golpea y actúa un poco blanda. Si una burbuja recibe el impacto de un proyectil similar o estalla como parte de un grupo, explota hacia fuera con líneas blancas escarchadas que parecen agua. Este comportamiento a veces dificulta apuntar con la flecha, sobre todo porque el juego no ofrece una línea de puntería. Además, el juego a veces cubre una burbuja con una fina película de hielo. El jugador debe hacer estallar un racimo junto a una burbuja helada, y más tarde usar la burbuja para crear un racimo separado.
Bubble Gems no proporciona proyectiles intercambiables. El jugador debe disparar con lo que recibe en cada momento. Afortunadamente, el juego cuenta con un sistema de pases que les permite no reventar burbujas cuatro veces antes de que emita una penalización. El jugador puede seguir este sistema con cuatro burbujas rojas debajo de las pezuñas del unicornio. Si el juego emite una penalización, aparecen nuevas burbujas que se agrandan en distintos puntos del campo.
