Bubble Gems to gra w puszczanie baniek z motywem fantasy. Na tle rezerwatu przyrody z zielonymi łąkami, strumieniem i mostem oraz pobliskimi górami, jednorożec zleca graczowi zebranie 106 klejnotów na różnych poziomach gry.
Gracz otrzymuje podstawową strzelankę z otwartym pierścieniem i czerwoną strzałką. Używa pocisków, które ładują się do strzelanki, aby wyrzucać skupiska pływających bąbelków w grupach po trzy lub więcej, aby oczyścić pole gry i zebrać kamienie szlachetne. W niektórych przypadkach nie trzeba rozbijać każdej bańki. Muszą jedynie zebrać klejnot lub klejnoty.
Bańki działają jak balony z wodą. Powierzchnia każdej z nich wygina się po uderzeniu i działa nieco miękko. Jeśli bańka zostanie trafiona pasującym pociskiem lub pęknie jako część klastra, eksploduje na zewnątrz z matowymi białymi liniami, które wyglądają jak woda. To zachowanie czasami utrudnia celowanie strzałką, zwłaszcza że gra nie oferuje linii celowania. Ponadto gra czasami pokrywa bańkę cienką warstwą lodu. Gracz musi rozbić klaster obok lodowej bańki, a następnie użyć bańki, aby utworzyć oddzielny klaster.
Bubble Gems nie zapewnia wymiennych pocisków. Gracz musi strzelać tym, co otrzyma w danym momencie. Na szczęście gra posiada system przepustek, który pozwala nie zbijać bąbelków cztery razy, zanim zostanie nałożona kara. Gracz może śledzić ten system za pomocą czterech czerwonych baniek pod kopytami jednorożca. Jeśli gra nałoży karę, nowe bąbelki pojawiają się i powiększają w różnych miejscach na boisku.
