Bubble Gems é um jogo de rebentar bolhas com um tema de fantasia. Tendo como pano de fundo uma reserva natural que apresenta prados verdes, um riacho e uma ponte, e montanhas próximas, um unicórnio encarrega o jogador de coletar 106 gemas em todos os níveis de jogo.
O jogador recebe um atirador básico de anel aberto com uma seta vermelha. Usa projécteis que são carregados no atirador para rebentar grupos de bolhas flutuantes em grupos de três ou mais para limpar o campo de jogo e recolher as pedras preciosas. Em alguns casos, não é necessário rebentar todas as bolhas. Eles só precisam coletar a gema ou gemas.
As bolhas funcionam como balões de água. A superfície de cada uma delas flexiona-se quando atingida e fica um pouco mole. Se uma bolha é atingida por um projétil correspondente ou rebenta como parte de um grupo, explode para fora com linhas brancas foscas que parecem água. Este comportamento dificulta por vezes a pontaria com a seta, especialmente porque o jogo não oferece uma linha de mira. Além disso, por vezes o jogo cobre uma bolha com uma fina película de gelo. O jogador deve estourar um aglomerado próximo a uma bolha de gelo e, mais tarde, usar a bolha para criar um aglomerado separado.
Bubble Gems não oferece projéteis trocáveis. O jogador tem de disparar com o que recebe num dado momento. Felizmente, o jogo tem um sistema de passe que permite não estourar bolhas quatro vezes antes de emitir uma penalidade. O jogador pode seguir este sistema com quatro bolhas vermelhas por baixo dos cascos do unicórnio. Se o jogo marcar uma penalidade, novas bolhas aparecem e aumentam de tamanho em diferentes pontos do campo.
