Bubble Gems is een bubbelspel met een fantasiethema. Tegen de achtergrond van een natuurreservaat met groene weiden, een beekje en een brug, en nabijgelegen bergen, laat een eenhoorn de speler 106 edelstenen verzamelen in verschillende speelniveaus.
De speler krijgt een basis open-ring shooter met een rode pijl. Ze gebruiken projectielen die in de shooter worden geladen om clusters van zwevende bellen in groepen van drie of meer te laten knappen om het speelveld leeg te spelen en de edelstenen te verzamelen. In sommige gevallen hoeven ze niet alle bellen te laten knappen. Ze hoeven alleen maar de edelsteen of edelstenen te verzamelen.
De bellen werken als waterballonnen. Het oppervlak van elke bel buigt mee als hij wordt geraakt en is een beetje plakkerig. Als een luchtbel wordt geraakt door een passend projectiel of knalt als onderdeel van een cluster, explodeert hij naar buiten met witte matte lijnen die op water lijken. Dit gedrag maakt richten met de pijl soms moeilijk, vooral omdat het spel geen miklijn biedt. Daarnaast bedekt het spel een luchtbel soms met een dun laagje ijs. De speler moet een cluster naast een ijsbel knallen en later de bel gebruiken om een aparte cluster te maken.
Bubble Gems biedt geen verwisselbare projectielen. De speler moet schieten met wat hij op een bepaald moment krijgt. Gelukkig heeft het spel een pasjessysteem waarmee je vier keer geen bubbels kunt laten knappen voordat je een straf krijgt. De speler kan dit systeem volgen met vier rode bellen onder de hoeven van de eenhoorn. Als het spel een penalty geeft, verschijnen er nieuwe bubbels die op verschillende plekken op het veld groter worden.
