Bubble Gems ist ein Bubble-Popping-Spiel mit einem Fantasy-Thema. Vor dem Hintergrund eines Naturschutzgebietes mit grünen Wiesen, einem Bach, einer Brücke und nahegelegenen Bergen stellt ein Einhorn den Spieler vor die Aufgabe, 106 Edelsteine in den verschiedenen Spielstufen zu sammeln.
Der Spieler erhält einen einfachen Shooter mit offenem Ring und einem roten Pfeil. Er benutzt Projektile, die in den Shooter geladen werden, um Gruppen von schwebenden Blasen in Gruppen von drei oder mehr zu zerstören, um das Spielfeld zu räumen und die Edelsteine zu sammeln. In manchen Fällen müssen sie nicht alle Blasen zerplatzen lassen. Sie müssen lediglich den oder die Edelsteine einsammeln.
Die Blasen funktionieren wie Wasserballons. Die Oberfläche jeder Blase biegt sich, wenn sie getroffen wird, und wirkt ein bisschen matschig. Wenn eine Blase von einem passenden Projektil getroffen wird oder als Teil eines Clusters platzt, explodiert sie mit mattierten weißen Linien, die wie Wasser aussehen, nach außen. Dieses Verhalten macht es manchmal schwierig, mit dem Pfeil zu zielen, zumal das Spiel keine Ziellinie anbietet. Außerdem bedeckt das Spiel manchmal eine Blase mit einer dünnen Eisschicht. Der Spieler muss einen Haufen neben einer vereisten Blase zerplatzen lassen und dann später die Blase benutzen, um einen separaten Haufen zu erstellen.
Bubble Gems bietet keine austauschbaren Projektile. Der Spieler muss mit dem schießen, was er zu einem bestimmten Zeitpunkt erhält. Glücklicherweise verfügt das Spiel über ein Pass-System, das es dem Spieler erlaubt, viermal keine Blasen zu schießen, bevor es eine Strafe gibt. Der Spieler kann dieses System mit vier roten Blasen unter den Hufen des Einhorns verfolgen. Wenn das Spiel eine Strafe ausspricht, erscheinen neue Blasen und vergrößern sich an verschiedenen Stellen des Spielfelds.
