Το Magical Bubble Shooter είναι ένα παιχνίδι που ανοίγει φούσκες με ένα μαγικό πλάσμα και ένα διαστημικό θέμα. Σε έναν νυχτερινό πλανήτη με θέα άλλους κόσμους, ο παίκτης σκάει ομάδες από τρεις ή περισσότερες μπάλες φυσαλίδων με τα ίδια βλήματα για να σώσει τα μαγικά πλάσματα που είναι παγιδευμένα σε κάποια συμπλέγματα, να κερδίσει υψηλούς πόντους και να καθαρίσει τα πεδία παιχνιδιού. Για να κερδίσει την υψηλότερη δυνατή βαθμολογία, πρέπει να ολοκληρώσει αυτό το έργο γρήγορα και χωρίς να χρησιμοποιήσει πολλά από τα διαθέσιμα βλήματα. Πρέπει επίσης να προσπαθήσουν να κερδίσουν τρία αστέρια ανά επίπεδο για να αποδείξουν τις ικανότητές τους στη ρίψη φυσαλίδων.
Το παιχνίδι διαθέτει 24 επίπεδα. Σε αντίθεση με πολλά παρόμοια παιχνίδια, ο παίκτης δεν χρειάζεται να κερδίσει ένα επίπεδο για να ξεκλειδώσει ένα άλλο. Μπορεί να επιλέξει οποιοδήποτε από τα επίπεδα για να παίξει ανά πάσα στιγμή. Λαμβάνουν μια διακεκομμένη γραμμή στόχευσης για να τους βοηθήσει να στοχεύσουν συγκεκριμένες περιοχές. Το παιχνίδι επιτρέπει επίσης στον παίκτη να ανταλλάσσει φυσαλίδες χρησιμοποιώντας ένα κουμπί που επισημαίνεται με δύο ημικυκλικά βέλη πάνω σε έναν βράχο κοντά στο πλάσμα, ώστε να είναι δυνατά επαναλαμβανόμενα χτυπήματα συνδυασμού. Ο παίκτης εκτοξεύει βλήματα φυσαλίδων που αιωρούνται πάνω από το κεφάλι ενός μαγικού πλάσματος σε κάθε επίπεδο. Μπορεί να πυροβολήσει στόχους σε ευθεία γραμμή ή να ρίξει βολές με γωνία από τις πλευρές του πεδίου παιχνιδιού.
Το Magical Bubble Shooter παρέχει στον παίκτη μια κατακόρυφη μπάρα παρακολούθησης της προόδου στην επάνω αριστερή γωνία, η οποία γίνεται βαθμιαία πορτοκαλί καθώς γεμίζει. Μπορεί να παρακολουθεί τον αριθμό των βλημάτων που απομένουν σε μια ξύλινη πινακίδα στην κάτω δεξιά γωνία. Τούτου λεχθέντος, το παιχνίδι διαθέτει επίσης ένα στοιχείο απόσπασης της προσοχής. Το στόμα κάθε πλάσματος ανοίγει και κλείνει κατά τη διάρκεια του παιχνιδιού.
