Magical Bubble Shooter adalah gim meletuskan gelembung dengan makhluk ajaib dan tema luar angkasa. Di sebuah planet malam hari yang terlihat oleh dunia lain, pemain meletuskan kelompok tiga bola gelembung atau lebih dengan proyektil yang cocok untuk menyelamatkan bayi makhluk ajaib yang terperangkap di beberapa kelompok, mendapatkan poin tinggi, dan membersihkan arena permainan. Untuk mendapatkan skor setinggi mungkin, mereka harus menyelesaikan tugas ini dengan cepat dan tanpa menggunakan banyak proyektil yang tersedia. Mereka juga harus berusaha mendapatkan tiga bintang per level untuk membuktikan kemampuan menembak gelembung mereka.
Permainan ini memiliki 24 level. Tidak seperti banyak game serupa, pemain tidak harus memenangkan level untuk membuka level lainnya. Mereka dapat memilih level mana saja untuk dimainkan kapan saja. Mereka menerima garis bidik putus-putus untuk membantu menargetkan area tertentu. Gim ini juga memungkinkan pemain untuk menukar gelembung menggunakan tombol yang ditandai dengan dua panah setengah lingkaran pada batu di dekat makhluk untuk memungkinkan kombinasi pukulan berulang. Pemain menembakkan proyektil gelembung yang melayang di atas kepala makhluk ajaib di setiap level. Mereka dapat menembak target dalam garis lurus atau tembakan sudut dari sisi lapangan permainan.
Magical Bubble Shooter memberi pemain bilah pelacakan kemajuan vertikal di sudut kiri atas yang berubah menjadi oranye gradien saat terisi. Mereka dapat melacak jumlah proyektil yang tersisa pada tanda kayu di sudut kanan bawah. Meskipun begitu, game ini juga memiliki elemen pengalih perhatian. Mulut setiap makhluk akan membuka dan menutup selama permainan berlangsung.
