Magical Bubble Shooter es un juego de explotar burbujas con una criatura mágica y temática espacial. En un planeta nocturno a la vista de otros mundos, el jugador revienta grupos de tres o más bolas de burbujas con proyectiles iguales para rescatar a las criaturas mágicas bebé atrapadas en algunos grupos, ganar puntos altos y despejar los campos de juego. Para obtener la máxima puntuación posible, deben completar esta tarea rápidamente y sin utilizar muchos de los proyectiles disponibles. También deben intentar ganar tres estrellas por nivel para demostrar sus habilidades disparando burbujas.
El juego cuenta con 24 niveles. A diferencia de muchos juegos similares, el jugador no tiene que ganar un nivel para desbloquear otro. Pueden seleccionar cualquiera de los niveles para jugar en cualquier momento. Reciben una línea de puntos para apuntar a zonas específicas. El juego también permite al jugador intercambiar burbujas utilizando un botón marcado con dos flechas semicirculares contra una roca cercana a la criatura para posibilitar repetidos golpes combinados. El jugador dispara proyectiles burbuja que flotan sobre la cabeza de una criatura mágica en cada nivel. Pueden disparar a objetivos en línea recta o disparos en ángulo a los lados del campo de juego.
Magical Bubble Shooter proporciona al jugador una barra vertical de seguimiento del progreso en la esquina superior izquierda que se vuelve naranja degradado a medida que se llena. También puede consultar el número de proyectiles restantes en un cartel de madera situado en la esquina inferior derecha. Dicho esto, el juego también cuenta con un elemento de distracción. La boca de cada criatura se abre y se cierra durante el juego.
