Magical Bubble Shooter to gra polegająca na puszczaniu baniek z magicznym stworzeniem i motywem kosmicznym. Na nocnej planecie z widokiem na inne światy gracz zbija grupy trzech lub więcej bąbelkowych kulek za pomocą pasujących pocisków, aby uratować małe magiczne stworzenia uwięzione w niektórych klastrach, zdobyć wysokie punkty i oczyścić pola gry. Aby zdobyć jak najwyższy wynik, gracz musi wykonać to zadanie szybko i bez zużywania dużej liczby dostępnych pocisków. Muszą również spróbować zdobyć trzy gwiazdki na poziom, aby udowodnić swoje umiejętności strzelania bąbelkami.
Gra składa się z 24 poziomów. W przeciwieństwie do wielu podobnych gier, gracz nie musi wygrać poziomu, aby odblokować kolejny. Gracz może wybrać dowolny poziom do gry w dowolnym momencie. Gracze otrzymują przerywaną linię celowania, która pomaga w celowaniu w określone obszary. Gra pozwala również graczowi zamieniać bańki za pomocą przycisku oznaczonego dwiema półokrągłymi strzałkami na skale w pobliżu stwora, aby umożliwić powtarzanie kombinacji trafień. Gracz strzela pociskami bąbelkowymi unoszącymi się nad głową magicznego stworzenia na każdym poziomie. Może strzelać do celów w linii prostej lub pod kątem z boków pola gry.
Magical Bubble Shooter zapewnia graczowi pionowy pasek postępu w lewym górnym rogu, który zmienia kolor na pomarańczowy w miarę zapełniania. Liczbę pozostałych pocisków można śledzić na drewnianym znaku w prawym dolnym rogu. Gra zawiera również element rozpraszający uwagę. Pysk każdego stworzenia otwiera się i zamyka podczas gry.
