Magical Bubble Shooter is een bubbelspel met een magisch wezen en een ruimtethema. Op een nachtelijke planeet in het zicht van andere werelden, knalt de speler groepen van drie of meer bellenballen met bijpassende projectielen om baby magische wezens te redden die vastzitten in sommige clusters, hoge punten te verdienen en de speelvelden leeg te spelen. Om een zo hoog mogelijke score te halen, moeten ze deze taak snel voltooien zonder veel van de beschikbare projectielen te gebruiken. Ze moeten ook proberen drie sterren per level te verdienen om te bewijzen dat ze goed kunnen bubbelschieten.
Het spel bevat 24 levels. In tegenstelling tot veel vergelijkbare spellen hoeft de speler geen level te winnen om een ander level vrij te spelen. Ze kunnen op elk moment een van de levels selecteren om te spelen. Ze krijgen een stippellijn om te richten op specifieke gebieden. Het spel stelt de speler ook in staat om bellen te verwisselen met behulp van een knop gemarkeerd met twee halfronde pijlen tegen een rots in de buurt van het wezen om herhaalde combinatieslagen mogelijk te maken. De speler schiet in elk level op bubbelprojectielen die boven het hoofd van een magisch wezen zweven. Ze kunnen in een rechte lijn op doelen schieten of schuin op de zijkanten van het speelveld.
Magical Bubble Shooter voorziet de speler van een verticale voortgangsbalk in de linkerbovenhoek die oranje kleurt naarmate hij voller wordt. Je kunt het aantal resterende projectielen bijhouden op een houten bord in de rechterbenedenhoek. Het spel bevat echter ook een afleidingselement. De mond van elk wezen gaat open en dicht tijdens het spel.
