Magical Bubble Shooter é um jogo de rebentar bolhas com uma criatura mágica e um tema espacial. Num planeta noturno com vista para outros mundos, o jogador rebenta grupos de três ou mais bolas de bolhas com projécteis iguais para salvar criaturas mágicas bebés presas em alguns aglomerados, ganhar pontos altos e limpar os campos de jogo. Para obter a pontuação mais elevada possível, o jogador deve completar esta tarefa rapidamente e sem utilizar muitos dos projécteis disponíveis. Eles também devem tentar ganhar três estrelas por nível para provar suas habilidades de atirar em bolhas.
O jogo tem 24 níveis. Ao contrário de muitos jogos semelhantes, o jogador não tem de ganhar um nível para desbloquear outro. Pode selecionar qualquer um dos níveis para jogar em qualquer altura. Recebe uma linha de mira pontilhada para ajudar a atingir áreas específicas. O jogo também permite que o jogador troque as bolhas usando um botão marcado com duas setas semicirculares contra uma rocha perto da criatura para possibilitar combinações repetidas de golpes. O jogador dispara projécteis de bolhas que flutuam por cima da cabeça de uma criatura mágica em cada nível. Podem disparar contra alvos em linha reta ou em ângulo para os lados do campo de jogo.
O Magical Bubble Shooter fornece ao jogador uma barra de progresso vertical no canto superior esquerdo que se torna laranja à medida que é preenchida. O jogador pode ver o número de projécteis restantes numa placa de madeira no canto inferior direito. Dito isto, o jogo também apresenta um elemento de distração. A boca de cada criatura abre-se e fecha-se durante o jogo.
