Bubble Shooter Hexagon adalah permainan meletuskan gelembung berjangka waktu. Dengan latar belakang lembah danau yang berkabut dengan tebing-tebing tinggi dan berbatu serta pepohonan yang berserakan saat senja, pemain akan meletuskan tiga atau lebih gelembung berbentuk segi enam bersudut bundar yang terlihat seperti permen mengkilap dengan desain berpola berlekuk-lekuk. Mereka harus membersihkan semua bidang permainan dari gelembung hexa ini di 48 level untuk mendapatkan skor pencapaian setinggi mungkin.
Permainan ini menampilkan gelembung-gelembung dalam pola menggantung. Pemain menembak setiap gelembung menggunakan penembak panah bergaya kawat yang unik tanpa garis bidik. Ketika mereka berhasil membuat cluster dengan proyektil gelembung dan setidaknya dua gelembung heksa yang cocok yang terhubung, cluster tersebut menyusut, pecah menjadi banyak gelembung identik yang lebih kecil, lalu jatuh dan menghilang dari lapangan.
Pemain menghilangkan gelembung paling banyak paling cepat dengan menembak baris horizontal atau garis berpola yang terhubung dari gelembung identik dengan gelembung yang tidak cocok yang melekat pada cluster. Jika mereka selesai sebelum waktu habis, mereka menerima bonus waktu 100 poin berdasarkan setiap 10 detik. Misalnya, jika waktu tersisa 12 detik, mereka menerima 120 poin.
Bubble Shooter Hexagon membuat permainan menjadi lebih sulit dengan cara tradisional dan non-tradisional. Pemain kehilangan level jika mereka membiarkan gelembung apa pun mencapai bagian bawah lapangan atau kehabisan waktu. Mereka hanya dapat melanjutkan dengan menghilangkan dua baris gelembung atau penambahan 30 detik pada jam jika mereka menonton iklan. Permainan ini juga menyulitkan pemain untuk melihat dinding samping. Warna garis vertikal menyatu dengan latar belakang.
