Bubble Shooter Hexagon es un juego cronometrado de explotar burbujas. Con el telón de fondo de un brumoso valle lacustre con altos acantilados rocosos y árboles dispersos al atardecer, el jugador explota grupos de tres o más burbujas hexagonales de esquinas redondeadas que parecen caramelos brillantes con diseños de garabatos. Deben despejar todos los campos de juego de estas hexa burbujas a lo largo de 48 niveles para conseguir la mayor puntuación de logro posible.
El juego muestra las burbujas en patrones colgantes. El jugador dispara a cada una de ellas con un lanzador de flechas de alambre sin línea de puntería. Cuando consiguen crear un grupo con un proyectil burbuja y al menos dos burbujas hexa iguales conectadas, el grupo se encoge, estalla en muchas burbujas idénticas más pequeñas y, a continuación, cae y desaparece del campo.
El jugador elimina el mayor número de burbujas lo más rápido posible disparando a una fila horizontal o a una línea conectada de burbujas idénticas con otras no iguales unidas al grupo. Si terminan antes de que se acabe el tiempo, recibirán una bonificación de tiempo de 100 puntos por cada 10 segundos. Por ejemplo, si quedan 12 segundos en el reloj, reciben 120 puntos.
Bubble Shooter Hexagon dificulta el juego de formas tradicionales y no tradicionales. El jugador pierde un nivel si permite que alguna burbuja llegue al fondo del campo o se queda sin tiempo. Sólo pueden continuar con la eliminación de dos filas de burbujas o la adición de 30 segundos en el reloj si ven anuncios. El juego también dificulta que el jugador vea las paredes laterales. El color de las líneas verticales se mezcla con el fondo.
