Bubble Shooter Hexagon is een tijdgebonden bubbelspel. Tegen de achtergrond van een wazige meervallei met hoge rotsachtige kliffen en verspreide bomen in de schemering, knalt de speler clusters van drie of meer ronde zeshoekige bellen die eruitzien als glanzende snoepjes met kronkelende patronen. Ze moeten alle speelvelden van deze zeshoekige bellen leegmaken in 48 levels om de hoogst mogelijke prestatiescore te verdienen.
Het spel toont de bubbels in hangende patronen. De speler schiet op elke bubbel met behulp van een unieke pijlschieter zonder miklijn. Als het lukt om een cluster te maken met een bubbelprojectiel en ten minste twee bij elkaar horende bubbels, krimpt de cluster, barst in veel kleinere identieke bubbels, valt en verdwijnt uit het veld.
De speler verwijdert de meeste bubbels het snelst door te schieten op een horizontale rij of een aaneengesloten lijn van identieke bubbels met niet-passende bubbels die aan de cluster vastzitten. Als ze klaar zijn voordat de tijd om is, krijgen ze een tijdbonus van 100 punten per 10 seconden. Als er bijvoorbeeld nog 12 seconden op de klok staan, ontvangen ze 120 punten.
Bubble Shooter Hexagon maakt het spel moeilijker op traditionele en niet-traditionele manieren. De speler verliest een level als er bubbels op de bodem van het veld terechtkomen of als de tijd op is. Ze kunnen alleen verder met het verwijderen van twee rijen bellen of het toevoegen van 30 seconden op de klok als ze naar advertenties kijken. Het spel maakt het ook moeilijk voor de speler om de zijwanden te zien. De kleur van de verticale lijnen gaat op in de achtergrond.
