O Bubble Shooter Hexagon é um jogo de rebentar bolhas com um tempo determinado. Tendo como pano de fundo um vale de um lago enevoado com altas falésias rochosas e árvores dispersas ao anoitecer, o jogador rebenta grupos de três ou mais bolhas em forma de hexágono com cantos redondos que parecem rebuçados brilhantes com padrões rabiscados. Ele deve limpar todos os campos de jogo dessas bolhas hexagonais em 48 níveis para obter a maior pontuação possível.
O jogo apresenta as bolhas em padrões suspensos. O jogador atira em cada uma delas usando um atirador de flechas de arame sem linha de mira. Quando ele consegue criar um aglomerado com um projétil de bolha e pelo menos duas bolhas hexa correspondentes conectadas, o aglomerado encolhe, explode em muitas bolhas idênticas menores e depois cai e desaparece do campo.
O jogador remove o maior número de bolhas o mais rápido possível, atirando numa linha horizontal ou numa linha padrão conectada de bolhas idênticas com bolhas que não combinam ligadas ao aglomerado. Se terminar antes do tempo acabar, recebe um bónus de tempo de 100 pontos por cada 10 segundos. Por exemplo, se restarem 12 segundos no relógio, eles recebem 120 pontos.
O Bubble Shooter Hexagon torna o jogo mais difícil de formas tradicionais e não tradicionais. O jogador perde um nível se permitir que alguma bolha chegue ao fundo do campo ou se o tempo se esgotar. Só pode continuar com a remoção de duas filas de bolhas ou com a adição de 30 segundos no relógio se vir anúncios. O jogo também torna difícil para o jogador ver as paredes laterais. A cor das linhas verticais mistura-se com o pano de fundo.
