Bubble Shooter Hexagon to gra polegająca na puszczaniu baniek na czas. Na tle zamglonej doliny jeziora z wysokimi, skalistymi klifami i rozproszonymi drzewami o zmierzchu, gracz wyskakuje skupiska trzech lub więcej sześciokątnych bąbelków o okrągłych rogach, które wyglądają jak błyszczące cukierki z falistymi wzorami. Gracz musi oczyścić wszystkie pola gry z tych sześciokątnych baniek na 48 poziomach, aby zdobyć najwyższy możliwy wynik.
Gra wyświetla bąbelki w wiszących wzorach. Gracz strzela do każdego z nich za pomocą unikalnego, drucianego miotacza strzałek bez linii celowania. Po pomyślnym utworzeniu klastra z pociskiem bąbelkowym i co najmniej dwoma połączonymi pasującymi bąbelkami heksa, klaster kurczy się, pęka na wiele mniejszych identycznych bąbelków, a następnie spada i znika z pola.
Gracz usuwa najwięcej bąbelków najszybciej, strzelając do poziomego rzędu lub połączonej wzorzystej linii identycznych bąbelków z niepasującymi bąbelkami dołączonymi do klastra. Jeśli ukończy grę przed upływem czasu, otrzyma premię czasową w wysokości 100 punktów za każde 10 sekund. Na przykład, jeśli na zegarze pozostało 12 sekund, gracz otrzymuje 120 punktów.
Bubble Shooter Hexagon utrudnia rozgrywkę w tradycyjny i nietradycyjny sposób. Gracz traci poziom, jeśli pozwoli bąbelkom dotrzeć do dna pola lub skończy mu się czas. Może kontynuować grę tylko po usunięciu dwóch rzędów bąbelków lub dodaniu 30 sekund na zegarze, jeśli ogląda reklamy. Gra utrudnia również graczowi dostrzeżenie ścian bocznych. Kolor pionowych linii zlewa się z tłem.
