Monkey Bubble Shooter ist ein Spiel, bei dem es darum geht, Blasen zu zerstören. Ein Affe braucht die Hilfe des Spielers, um anthropomorphe Bananen mit winzigen winkenden Armen zu retten, die in Blasen stecken, die in Mustern auf Spielfeldern in 23 regulären Levels und einem unendlichen Level hängen. Der Spieler sammelt Punkte und versucht, seine Fähigkeiten im schnellen und effizienten Zerplatzen von Seifenblasen unter Beweis zu stellen, indem er alle in jedem Level verfügbaren Sterne sammelt.
In vielen Spielen, in denen es darum geht, Blasen zu zerplatzen, verwendet der Spieler ein Schießwerkzeug, wie Pfeil und Bogen oder eine Kanone. Bei Spielen im Rescue-Stil gibt es in der Regel eine Figur, die als Schütze fungiert. Der Spieler lenkt die Figur, um Projektilblasen wie Bälle in die Luft auf zwei oder mehr zusammenpassende, verbundene Blasen zu werfen, um automatisch aufsteigende Cluster zu erzeugen.
In diesem Spiel weist der Spieler den Affen an, die Blasen an Stellen zu werfen, die mit einer verlängerten Ziellinie aus weißen Punkten markiert sind. Er kann ihn das erste Projektil werfen lassen oder ihm ein zweites Projektil in der Nähe geben, das über einem ausgehöhlten Baumstumpf schwebt. Dieser Tausch erfolgt entweder durch die Auswahl von Pfeilen auf dem Baumstumpf oder durch eine Taste der Computertastatur.
Monkey Bubble Shooter vergibt dem Spieler Standardpunkte für jede geplatzte Blase. Der Spieler erhält außerdem Bonuspunkte für verschiedene Arten von strategischen Aktionen, wie z.B. das Zerplatzen von Blasen in einer Reihe und sogar das Entfernen von nicht passenden Blasen aus einem Muster durch das Zerplatzen einer nahegelegenen Blasengruppe.
Das Spiel bietet auch Bonuspunkte, wenn der Spieler die Bananen mit so wenig Projektilen wie möglich erreicht. Jedes verbleibende Projektil gibt am Ende eines Levels Bonuspunkte frei. Alle Punkte werden in der oberen linken Ecke neben einem vertikalen Balken angezeigt, der den Fortschritt des Spielers auf dem Weg zu den drei Leistungssternen pro Level anzeigt.
