Monkey Bubble Shooter to gra polegająca na ratowaniu bąbelków. Małpka potrzebuje pomocy gracza w ratowaniu antropomorficznych bananów z małymi machającymi ramionami, które utknęły wewnątrz bąbelków wiszących we wzorach na polach gry na 23 zwykłych poziomach i jednym nieskończonym poziomie. Gracz zdobywa punkty i próbuje udowodnić swoje szybkie i skuteczne umiejętności przebijania baniek, zdobywając wszystkie gwiazdki osiągnięć dostępne na każdym poziomie.
W wielu grach typu bubble-popping gracz korzysta z narzędzi strzeleckich, takich jak łuk i strzały lub armata. W grach typu Rescue zazwyczaj występuje postać, która pełni rolę strzelca. Gracz kieruje postacią tak, aby wyrzucała pociski bąbelkowe, takie jak piłki, w powietrze w kierunku dwóch lub więcej pasujących do siebie połączonych bąbelków, tworząc automatycznie przebijające się klastry.
W tej grze gracz kieruje małpką tak, by rzucała bąbelkami w miejsca oznaczone przedłużoną linią celowania złożoną z białych kropek. Gracz może sprawić, że małpka podrzuci pierwszy pocisk lub dać jej drugi pobliski pocisk unoszący się nad wydrążonym pniem drzewa. Zamiany dokonuje się poprzez wybranie strzałek na pniu lub za pomocą klawisza klawiatury komputera.
Monkey Bubble Shooter przyznaje graczowi standardowe punkty za każdą rozbitą bańkę. Gracz otrzymuje również punkty bonusowe za różnego rodzaju działania strategiczne, takie jak wyskakiwanie klastrów w smudze, a nawet wyrzucanie niepasujących bąbelków ze wzoru poprzez wyskakiwanie pobliskiego klastra.
Gra zapewnia również punkty bonusowe, gdy gracz dotrze do bananów z jak najmniejszą liczbą pocisków. Każdy pozostały pocisk uwalnia punkty bonusowe na koniec poziomu. Wszystkie punkty pojawiają się w lewym górnym rogu obok pionowego paska, który wyświetla postęp gracza w kierunku zdobycia trzech gwiazdek osiągnięć na poziom.
