Monkey Bubble Shooter é um jogo de rebentar bolhas ao estilo de salvamento. Um macaco precisa da ajuda do jogador para salvar bananas antropomórficas com pequenos braços ondulantes presos dentro de bolhas penduradas em padrões nos campos de jogo em 23 níveis regulares e um nível infinito. O jogador ganha pontos e tenta provar suas habilidades rápidas e eficientes de estourar bolhas, ganhando todas as estrelas de conquista disponíveis em cada nível.
Em muitos jogos de rebentar bolhas, o jogador usa uma ferramenta de tiro, como um arco e flecha ou um canhão. Os jogos do tipo Rescue têm normalmente uma personagem que actua como atirador. O jogador orienta a personagem para lançar bolhas de projécteis, como bolas, para o ar, em direção a duas ou mais bolhas iguais e ligadas, para criar aglomerados que se rebentam automaticamente.
Neste jogo, o jogador dá instruções ao macaco para atirar as bolhas para pontos marcados com uma linha de mira estendida feita de pontos brancos. Pode fazê-lo atirar o primeiro projétil ou dar-lhe um projétil secundário próximo que flutue sobre um tronco de árvore oco. Esta troca é feita seleccionando as setas no cepo ou usando uma tecla do teclado do computador.
O Monkey Bubble Shooter atribui ao jogador pontos padrão por cada bolha rebentada. O jogador também recebe pontos de bónus por vários tipos de acções estratégicas, tais como rebentar aglomerados numa sequência e até eliminar bolhas não correspondentes de um padrão rebentando um aglomerado próximo.
O jogo também dá pontos de bónus quando o jogador atinge as bananas com o menor número possível de projécteis. Cada projétil restante liberta pontos de bónus no final de um nível. Todos os pontos aparecem no canto superior esquerdo, junto a uma barra vertical que mostra o progresso do jogador para ganhar as três estrelas de conquista por nível.
