Super Bubble Shooter ist ein Blasenschießspiel. In vier unterhaltsamen Schauplätzen, darunter eine Wüste in der Abenddämmerung, ein Dschungelwald, ein gespenstischer Friedhof um Mitternacht und ein Hafen mit einem Piratenschiff, schießt der Spieler aus einer Kanone mit gepunkteter Ziellinie austauschbare Blasengeschosse auf hängende Reihen verbundener Blasen. Die Blasen pulsieren und verschwinden oder fallen vom Bildschirm, wenn der Spieler Gruppen von drei oder mehr identischen Blasen bildet. Um die höchstmögliche Punktzahl zu erreichen, indem er die Bonuspunkte nutzt, die für jedes übrig gebliebene Projektil am Ende eines Levels vergeben werden, muss der Spieler Aufgaben mit so wenigen Projektilen wie möglich erfüllen.
Jeder Schauplatz bzw. jede Episode bietet 15 unterhaltsame Level mit einzigartigen hängenden Blasenmustern und Herausforderungen. Der Spieler benutzt seine gepunktete Ziellinie, um präzises Schießen zu garantieren. Wenn ein Projektil zu keiner erreichbaren Blase passt, kann er die kleine zweite Blase unten links in der Nähe der Kanone auswählen, um die Projektile auszutauschen. Sie verfolgen ihre verbleibenden Projektile in der unteren rechten Position. Sie können jederzeit ihren Punktestand verfolgen, indem sie in die obere linke Ecke schauen. Das Spiel belohnt sie außerdem mit drei Sternen, wenn sie gut abschneiden. Auf einer vertikalen Füllstandsanzeige auf der linken Seite können sie überprüfen, ob sie ihr Ziel erreicht haben.
Zu den Hindernissen von Super Bubble Shooter gehören Zufallsblasen, die Projektile oder Bewegungen hinzufügen oder entfernen, Schilde, die das Zerplatzen einiger Blasen in einer Gruppe blockieren, Stachelblasen, die Projektile zerplatzen lassen, und Felsen, die nie zerplatzen. Der Spieler sammelt und benutzt mächtige Booster, um diese Herausforderungen zu meistern, darunter Bomben, Blitze und Regenbögen.
