Super Bubble Shooter to gra polegająca na strzelaniu do baniek. W czterech zabawnych sceneriach, które obejmują pustynię o zmierzchu, las w dżungli, upiorny cmentarz o północy i port ze statkiem pirackim, gracz strzela wymiennymi pociskami bąbelkowymi z armaty w stylu garnka z przerywaną linią celowania w wiszące rzędy połączonych bąbelków. Bąbelki pulsują i znikają lub spadają z ekranu, gdy gracz utworzy grupy trzech lub więcej identycznych bąbelków. Aby zdobyć najwyższy możliwy wynik, korzystając z punktów bonusowych przyznawanych za każdy pozostały pocisk na końcu poziomu, gracz musi wykonywać zadania z jak najmniejszą liczbą pocisków.
Każda sceneria lub epizod oferuje 15 zabawnych poziomów z unikalnymi wzorami wiszących baniek i wyzwaniami. Gracz korzysta z przerywanej linii celowania, aby zagwarantować precyzję strzelania. Gdy pocisk nie pasuje do żadnego z dostępnych bąbelków, można wybrać mały dodatkowy bąbelek w lewym dolnym rogu obok armaty, aby zamienić pociski. Pozostałe pociski można śledzić w prawym dolnym rogu. Gracz może śledzić swój wynik w dowolnym momencie, spoglądając w lewy górny róg. Gra zapewnia im również trzy gwiazdki jako nagrodę, gdy dobrze sobie radzą. Mogą sprawdzić, czy są na dobrej drodze do osiągnięcia tego celu na pionowym wskaźniku po lewej stronie.
Przeszkody w Super Bubble Shooter obejmują przypadkowe bąbelki, które dodają i usuwają pociski lub ruchy, tarcze, które blokują wyskakiwanie niektórych bąbelków w grupie, kolczaste bąbelki, które wyskakują z pocisków, oraz skały, które nigdy nie pękają. Gracz zbiera i wykorzystuje potężne dopalacze, aby poradzić sobie z tymi wyzwaniami, w tym bomby, błyskawice i tęcze.
