O Super Bubble Shooter é um jogo de disparo de bolhas. Em quatro cenários divertidos, que incluem um deserto ao anoitecer, uma floresta na selva, um cemitério assustador à meia-noite e um porto com um navio pirata, o jogador dispara projécteis de bolhas trocáveis de um canhão tipo pote com uma linha de mira pontilhada em filas suspensas de bolhas ligadas. As bolhas pulsam e desaparecem ou caem do ecrã quando o jogador cria grupos de três ou mais bolhas idênticas. Para obter a pontuação mais alta possível, tirando partido dos pontos de bónus atribuídos por cada projétil restante no final de um nível, o jogador deve executar tarefas com o menor número possível de projécteis.
Cada cenário, ou episódio, oferece 15 níveis divertidos com padrões de bolhas suspensas e desafios únicos. O jogador usa a sua linha de mira pontilhada para garantir a precisão do tiro. Quando um projétil não coincide com nenhuma bolha alcançável, o jogador pode selecionar a pequena bolha secundária na posição inferior esquerda, perto do canhão, para trocar os projécteis. Os projécteis restantes são monitorizados na posição inferior direita. Pode acompanhar a sua pontuação em qualquer altura, olhando para o canto superior esquerdo. O jogo também lhes dá três estrelas como recompensa quando se saem bem. Podem verificar se estão no caminho certo para atingir esse objetivo num medidor de barra de enchimento vertical no lado esquerdo.
Os obstáculos do Super Bubble Shooter incluem bolhas de sorte que adicionam e removem projécteis ou movimentos, escudos que bloqueiam o rebentamento de algumas bolhas de um grupo, bolhas com espigões que rebentam projécteis e pedras que nunca rebentam. O jogador recolhe e utiliza potentes impulsionadores para enfrentar estes desafios, incluindo bombas, relâmpagos e arco-íris.
