Super Bubble Shooter is een bubbelschietspel. In vier vermakelijke omgevingen, waaronder een woestijn in de schemering, een oerwoud, een spookachtig kerkhof om middernacht en een haven met een piratenschip, schiet de speler verwisselbare bubbelprojectielen uit een kanon in potvorm met een stippellijn op hangende rijen aaneengeschakelde bubbels. De bubbels pulseren en verdwijnen of vallen van het scherm als de speler groepen van drie of meer identieke bubbels maakt. Om een zo hoog mogelijke score te behalen door te profiteren van bonuspunten die worden beloond voor elk overgebleven projectiel aan het einde van een level, moet de speler opdrachten uitvoeren met zo min mogelijk projectielen.
Elke setting, of episode, biedt 15 leuke levels met unieke hangende bubbelpatronen en uitdagingen. De speler gebruikt zijn stippellijn om nauwkeurig te schieten. Als een projectiel met geen enkele bereikbare luchtbel overeenkomt, kan de speler de kleine secundaire luchtbel linksonder bij het kanon selecteren om projectielen te verwisselen. Ze volgen hun overgebleven projectielen rechtsonder. Ze kunnen hun score op elk moment volgen door naar de linkerbovenhoek te kijken. Het spel geeft ze ook drie sterren als beloning als ze het goed doen. Ze kunnen controleren of ze op koers liggen om dat doel te bereiken op een verticale vulmeter aan de linkerkant.
De obstakels in Super Bubble Shooter zijn onder andere toevalsbubbels die projectielen of bewegingen toevoegen en verwijderen, schilden die het knallen van sommige bubbels in een groep blokkeren, bubbels met spijkers die projectielen laten knappen en rotsen die nooit knallen. De speler verzamelt en gebruikt krachtige boosters om deze uitdagingen het hoofd te bieden, waaronder bommen, bliksemschichten en regenbogen.
