Το Sea Bubble Pirates είναι ένα παιχνίδι που ανοίγει φούσκες με θέμα μια πειρατική περιπέτεια. Από επίπεδο σε επίπεδο σε ένα ελικοειδές μονοπάτι σε ένα τοπίο γεμάτο άμμο, γεμάτο θαμμένους θησαυρούς και θαλάσσια τέρατα, ο παίκτης βοηθάει τους πειρατές να σκάσουν ημιδιαφανείς φυσαλίδες για να συλλέξουν γιγαντιαία χρυσά νομίσματα, πόντους, αστέρια και άλλες ανταμοιβές.
Το παιχνίδι σκορπίζει τα λάφυρα των πειρατών ανάμεσα στις φυσαλίδες που κρέμονται σε μοτίβο σε σειρές σε ένα πεδίο παιχνιδιού κοντά σε ένα πειρατικό πλοίο και τον ωκεανό. Ο παίκτης χρησιμοποιεί ένα μαύρο κανόνι πλοίου ως σκοπευτή. Μπορεί να σκάσει φυσαλίδες μόνο σε ομάδες των τριών που περιλαμβάνουν τουλάχιστον δύο ίδιες συνδεδεμένες φυσαλίδες στο πεδίο και ένα ίδιο βλήμα. Το κανόνι διαθέτει μια κόκκινη διακεκομμένη γραμμή σκόπευσης με έναν στόχο Χ που σηματοδοτεί το σημείο και εναλλάξιμα βλήματα. Το κύριο βλήμα βρίσκεται μέσα στο κανόνι και το δευτερεύον βλήμα βρίσκεται κάτω δεξιά από το κανόνι. Ο παίκτης μπορεί να αλλάξει τα βλήματα επιλέγοντας το δευτερεύον.
Το Sea Bubble Pirates παρέχει στον παίκτη μια πανίσχυρη μαύρη βόμβα που φέρει ένα κρανίο κάθε φορά που σκάει συστάδες πέντε φορές στη σειρά. Ο παίκτης χρησιμοποιεί αυτά τα όπλα μαζί με διάφορες στρατηγικές βολής για να δημιουργεί συστάδες σχεδόν κάθε φορά. Για παράδειγμα, μερικές φορές πυροβολούν τα πλευρικά τοιχώματα του πεδίου για να γωνιοποιήσουν τα βλήματα ώστε να χτυπήσουν υψηλότερα σμήνη για να σκάσουν περισσότερες φυσαλίδες πιο γρήγορα. Αν ο παίκτης πυροβολεί αρκετά γρήγορα και με αρκετή ακρίβεια, λαμβάνει επίσης τρία αστέρια ως ανταμοιβή για το επίτευγμα δεξιοτήτων σε κάθε επίπεδο.
