Sea Bubble Pirates ist ein Seifenblasenspiel mit einem Piratenabenteuer-Thema. Auf einem verschlungenen Pfad durch eine sandige Landschaft voller vergrabener Schätze und Seeungeheuer hilft der Spieler den Piraten, halbdurchsichtige Blasen zum Platzen zu bringen, um riesige Goldmünzen, Punkte, Sterne und andere Belohnungen zu sammeln.
Das Spiel verteilt die Beute der Piraten auf die Blasen, die in gemusterten Reihen auf einem Spielfeld in der Nähe eines Piratenschiffs und des Ozeans hängen. Der Spieler benutzt eine schwarze Schiffskanone als Shooter. Er kann nur Blasen in Dreiergruppen zerplatzen lassen, die mindestens zwei miteinander verbundene Blasen auf dem Spielfeld und ein passendes Projektil enthalten. Die Kanone verfügt über eine rot gestrichelte Ziellinie mit einem X, das die Stelle markiert, und austauschbare Projektile. Das Hauptprojektil befindet sich in der Kanone, das zweite Projektil rechts unten. Der Spieler kann die Geschosse austauschen, indem er das sekundäre Geschoss auswählt.
Sea Bubble Pirates bietet dem Spieler eine mächtige schwarze Bombe, die mit einem Totenkopf markiert ist, wenn er fünfmal hintereinander Cluster knackt. Der Spieler nutzt diese Waffen zusammen mit verschiedenen Schussstrategien, um fast jedes Mal Cluster zu erzeugen. Zum Beispiel schießt er manchmal auf die Seitenwände des Spielfelds, um die Projektile so auszurichten, dass sie höhere Cluster treffen und so mehr Blasen schneller platzen. Wenn der Spieler schnell und genau genug schießt, erhält er außerdem drei Sterne als Belohnung für seine Fähigkeiten in jedem Level.
