Sea Bubble Pirates to gra w puszczanie baniek z motywem pirackiej przygody. Przechodząc od poziomu do poziomu na krętej ścieżce na piaszczystym krajobrazie wypełnionym zakopanymi skarbami i morskimi potworami, gracz pomaga piratom wyskakiwać półprzezroczyste bąbelki, aby zbierać gigantyczne złote monety, punkty, gwiazdki i inne nagrody.
Gra rozrzuca łupy piratów wśród bąbelków zawieszonych we wzorzystych rzędach na polu gry w pobliżu statku pirackiego i oceanu. Gracz używa armaty czarnego statku jako strzelca. Gracz może zbijać bąbelki tylko w klastrach po trzy, które zawierają co najmniej dwa pasujące połączone bąbelki na polu i pasujący pocisk. Działo ma czerwoną linię celowania z celem X oznaczającym miejsce i wymienne pociski. Główny pocisk spoczywa w armacie, a drugi znajduje się w prawym dolnym rogu armaty. Gracz może zamienić pociski, wybierając pocisk dodatkowy.
Sea Bubble Pirates zapewnia graczowi potężną czarną bombę oznaczoną czaszką za każdym razem, gdy pięć razy z rzędu wyskakują klastry. Gracz używa tej broni wraz z różnymi strategiami strzelania, aby tworzyć klastry prawie za każdym razem. Na przykład, czasami strzela w boczne ściany pola, aby ustawić pociski pod kątem, aby trafić w wyższe klastry i szybciej zbijać więcej bąbelków. Jeśli gracz strzela wystarczająco szybko i celnie, otrzymuje również trzy gwiazdki jako nagrodę za osiągnięcie umiejętności na każdym poziomie.
